提及 NCBI 我們大家都不陌生，研究物種基因功能可都靠它呢。在 NCBI 的快速搜索下，基因 轉錄本序列以及相關(guān)編碼蛋白信息那也是手到擒來(lái)。然而當我們查找某個(gè)基因的相關(guān)信息時(shí)， 就會(huì )發(fā)現該基因有很多個(gè)轉錄本。所以盡管基因查詢(xún)很簡(jiǎn)單，但要精確定位到自己所需的轉 錄本核酸序列及蛋白信息仍是一個(gè)問(wèn)題，今天小編就手把手教大家如何通過(guò)經(jīng) NCBI 搞定此難題，以栗子為主，包學(xué)包會(huì )。

步驟

1.打開(kāi) pubmed：ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

2.選擇基因并輸入你要查找的基因名稱(chēng) ，這里以 TP53 基因為例：

3.點(diǎn)擊 search 進(jìn)入該界面

4.點(diǎn)擊第一個(gè) TP53 進(jìn)入以下界面

5.下拉到 NCBI Reference Sequences (RefSeq)區域，mRNA and Protein(s)下顯示的就是該基因的轉錄本及其編碼的蛋白：

6.一直下拉會(huì )發(fā)現該基因共有15個(gè)轉錄本

案例

以第一個(gè)轉錄本為例來(lái)告訴大家怎樣查找轉錄本的核苷酸序列及其編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列。

7.點(diǎn)擊 NM_000546.5 后會(huì )出現以下界面

8.下拉到 ORIGIN 區域即為該轉錄本的核苷酸序列

9.返回到以下界面

10.點(diǎn)擊 NP_000537.3 后會(huì )看到以下界面

11.下拉到 ORIGIN 區域即為該轉錄本編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列

獲得該轉錄本的 ORF 序列

12.返回到以下界面

13. 點(diǎn)擊 CCDS11118.1 后會(huì )出現

14.下拉到 Nucleotide Sequence 區域即為該轉錄本的 ORF 序列，Translation 區域是該轉錄本編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列。

NCBI 數據庫中搜索基因序列的私家套路三

套路一

進(jìn)入NCBI 網(wǎng)站，在 Nucleotide（核苷酸）數據庫中搜索，以人 CCL2 為例。

套路二

進(jìn)入 NCBI 網(wǎng)站，在 CCDS（ 共識編碼序列 ）數據庫中搜索，ncbi.nlm.nih.gov/projects/CCDS/CcdsBrowse.cgi

套路三（推薦）

進(jìn)入 NCBI 網(wǎng)站，在 Gene（基因）數據庫中搜索。找到 Tools 工具的下拉菜單中 Sequence Text View，點(diǎn)擊就可以查到基因序列，并且網(wǎng)站以不同顏色標注 CCL2 基因的不同部分，灰色的 UTR，紅色的外顯子，綠色的內含子，以及一一對應的編碼區。