經(jīng)過(guò) EMSA、 DNase1 足跡實(shí)驗、甲基化干擾實(shí)驗、體內足跡實(shí)驗、 Chip-on-chip 等方式，終于落實(shí)了轉錄因子跟基因的關(guān)系，繼續探索轉錄因子跟該基因的啟動(dòng)子的結合位點(diǎn)在哪里？ 

第一步，要確定到啟動(dòng)子在哪？（怎么確定啟動(dòng)子？ 一般查閱外文文獻，老外把從轉錄起始位點(diǎn)開(kāi)始上溯 2K－3K 的區間算做是啟動(dòng)子。） 

第二步，就是要確定具體的結合位點(diǎn)序列？（啟動(dòng)子這么長(cháng)，怎么知道具體的結合位點(diǎn)序列？）

如何預測轉錄因子跟基因啟動(dòng)子結合位點(diǎn)在哪里？干貨來(lái)了，看這里了（敲黑板?。?/p>

1、以轉錄因子 Nf-KB 和 Ankh 基因為例，用 UCSC 在線(xiàn)網(wǎng)站鎖定啟動(dòng)子范圍，在左欄選擇 Table  browes。

2、在 clade 選擇 Mammal，genome 選擇 Human，assmebly 選擇最新的數據庫，gene 中輸入 ANKH,在 track 中選擇 RefSeq Genes，在 output format 中選擇 sequence,點(diǎn)擊 get output,根據需要選擇序列，選擇 genomic-submit。

3、選擇 Promoter/Upstream by 2000 bases，選 Exons in upper case, everything else in lower case （外顯子大寫(xiě)，其他小寫(xiě)）。

結果如下：大寫(xiě)字母是基因外顯子區，大寫(xiě)字母前面的 2000 個(gè)小寫(xiě)字母就是預測的啟動(dòng)子區，復制粘貼保存到文本中。

當我們確定啟動(dòng)子以后，接下來(lái)就是要確定具體的結合位點(diǎn)序列了，好緊張！

打開(kāi) PROMO 數據庫，業(yè)界良心！首頁(yè)就來(lái)送助攻：查找轉錄因子結合位點(diǎn)操作步驟。

1、如助攻提到的，先點(diǎn)擊黃色左欄 SelectSpecies,選擇物種, 點(diǎn)擊 Submit。

2、再點(diǎn)擊黃色左欄 SelectFactors，選擇轉錄因子, 點(diǎn)擊 Submit。

3、接著(zhù)點(diǎn)擊 SearchSites,將之前鎖定的啟動(dòng)子區序列粘貼到特定位置，點(diǎn)擊 Submit。

4、目標出現！結果中的一個(gè)位點(diǎn) TGGGAAATACCT 就是預測到的 nf-kb 結合在 Ankh 啟動(dòng)子的最佳位點(diǎn)。

同一個(gè)基因的啟動(dòng)子都是可長(cháng)可短的，只是不同長(cháng)度可能啟動(dòng)子的活性不一樣。真核生物一般都是認為在第一外顯子上游的 2kb 以?xún)龋ㄒ灿?2kb 以外的）。轉錄因子不同的預測方法（除了 PROMO，還可用 Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC 等數據庫）結果都不一樣，最終只有實(shí)驗驗證的才準確。