STR（Short Tandem Repeats，短串聯(lián)重復序列）分析已被國際細胞系鑒定協(xié)會(huì )（ICLAC：International Cell Line Authentication Committee )、ATCC、NIST（美國國家標準局）等機構作為金標準應用于細胞鑒定。目前使用錯誤細胞情況非常嚴重，據統計約30%細胞系被交叉污染或錯誤辨識，因使用了交叉污染或錯誤辨識的細胞而導致研究結論錯誤、結果不可重復，而且會(huì )造成大量人力、物力、金錢(qián)損失。Nature和Science等越來(lái)越多的雜志要求在投稿時(shí)提供細胞STR鑒定報告。

小編整理了以下細胞STR鑒定相關(guān)各類(lèi)問(wèn)題大合集，為您解決細胞鑒定中的“疑難雜癥"。

A: STR即短串聯(lián)重復序列（short tandem repeats），也稱(chēng)微衛星DNA（microsatellite DNA），通常是基因組中由1~6個(gè)堿基單元組成的一段DNA重復序列，由于核心單位重復數目在個(gè)體間呈高度變異性并且數量豐富，構成了STR基因座的遺傳多態(tài)性。細胞STR鑒定即通過(guò)STR信息建立細胞系的遺傳特性，通過(guò)STR鑒定來(lái)檢測細胞是否發(fā)生交叉污染現象。

STR圖譜

A: 細胞STR鑒定目前主要基于多重PCR結合熒光探針檢測技術(shù)，對人源多個(gè)STR位點(diǎn)進(jìn)行檢測。Dr.Cell實(shí)驗室對人源細胞21個(gè)基因座進(jìn)行檢測，所選用的基因座不僅包含ATCC、DSMZ和JCRB細胞庫中的9個(gè)基因座，更添加12個(gè)高度多態(tài)性位點(diǎn)，可方便與數據庫進(jìn)行比對，具有*的準確性。

A:

●  當實(shí)驗室引入新的細胞系

●  細胞來(lái)源于組織——原代細胞

●  文章發(fā)表，國外期刊雜志要求

●  細胞功能不正常

●  細胞系表現不穩定或結果與預期差別較大

●  細胞已連續培養6個(gè)月時(shí)，實(shí)驗室細胞常規定期鑒定

●  當實(shí)驗室使用超過(guò)一種細胞系時(shí)，所有細胞系最好先鑒定以排除交叉污染的可能

A:

●  提供細胞樣本：培養后的細胞進(jìn)行離心，去掉上清培養液，將細胞沉淀冰袋運輸，細胞數量大于10^6。

●  提供基因組DNA: ≥20μL，濃度≥50ng/μL。

A: 提取細胞基因組DNA，然后進(jìn)行PCR擴增及測序，最后進(jìn)行結果分析。詳細檢測流程請看下圖：

A: 如果存在細胞系之間發(fā)生交叉污染，那么在STR圖譜上多個(gè)位點(diǎn)會(huì )出現兩個(gè)以上的峰。峰高值表示該等位基因的信號強度，理論上峰值與樣本的DNA濃度有直接的關(guān)系。因此，存在交叉污染的混合細胞系中，其中一個(gè)位點(diǎn)中某些峰會(huì )明顯高于其他的峰，其中大峰是屬于混合細胞系中那個(gè)主要細胞系，而小峰則屬于那個(gè)次要細胞系。

發(fā)生細胞交叉污染現象，基因組出現多等位基因

A: 查閱文章：STR鑒定報告看不懂？希爾博士來(lái)解憂(yōu) 

A:人源細胞STR鑒定結果判定標準：

受檢細胞STR位點(diǎn)的基因分型數據與其對應的標準細胞系（其原始組織或衍生細胞系）STR基因分型數據進(jìn)行比對：

1）若兩者的匹配度≥80%，則判定受檢細胞系為標準細胞系或為標準細胞系的衍生細胞系。

2）若兩者的匹配度在50%-79%之間，建議結合細胞系形態(tài)、細胞系特異性標記物等輔助分析進(jìn)行綜合判斷。

3）若兩者的匹配度<50%，則判定受檢細胞樣本與其對應的標準細胞系不相關(guān)。

A: 

Dr.Cell實(shí)驗室應用DSMZ數據庫進(jìn)行細胞STR數據比對，DSMZ數據庫包含來(lái)自于A(yíng)TCC，DSMZ，JCRB和RIKEN數據庫的2000多個(gè)細胞系STR數據。

A:若樣本為原代細胞，或者樣本在已知數據庫中沒(méi)有STR數據信息，可以用自己的細胞遺傳信息建立自己的遺傳數據，以便后期進(jìn)行自己細胞庫的比對。

A:答案是肯定的。使用錯誤的細胞系或者是被污染的細胞系做研究，造成時(shí)間，金錢(qián)和精力的損失，實(shí)驗結果的不一致和不可重復。因此用被污染或錯誤的細胞系做研究，在發(fā)表文章或做進(jìn)一步研究時(shí)極有可能需要用正確的細胞再重復實(shí)驗。

2015年Science上發(fā)表的一篇文章，統計了兩株存在嚴重污染的細胞系HEp-2和INT 407（實(shí)際上都是HeLa），HEp-2發(fā)表了近6000篇SCI文章，INT 407也發(fā)表了1300 多篇SCI文章，據估算，這兩種污染對初始研究總共造成的經(jīng)濟損失達到7億美元，而對后續的跟蹤研究造成的經(jīng)濟損失達到35億美元。

A:ICLAC數據庫中有列出154個(gè)不同的污染源，其中HeLa細胞是最大的污染源（129個(gè)細胞系被證實(shí)HeLa污染），依次是T-24(21個(gè)細胞系被證實(shí)T-24污染) 和 M14 (18個(gè)細胞系被證實(shí)M14污染)。

Dr.Cell 實(shí)驗室鑒定的細胞STR結果，其中HeLa細胞也是最大的污染源，其次是A375、COLO201(如下圖)。

細胞污染來(lái)源    

A:除人源細胞外，可以鑒定小鼠來(lái)源細胞。

小鼠細胞STR鑒定--依據美國國家標準技術(shù)研究所NIST和ATCC建議，檢測小鼠細胞：4-2、5-5、6-4、6-7、9-2、12-1、15-3、18-3、X-1，9個(gè)基因位點(diǎn)。另外添加人源位點(diǎn)D4S2408，用于鑒定人鼠細胞交叉污染。

由于現有數據庫僅公布少量的小鼠細胞STR圖譜數據，故小鼠細胞STR鑒定僅對細胞系進(jìn)行檢測，出具STR圖譜，不進(jìn)行小鼠細胞品系鑒定。

對于人源、小鼠之外其他物種細胞，Dr.Cell實(shí)驗室可以提供細胞物種鑒定，檢測人(Human，學(xué)名：Homo sapiens) 、小鼠(Mouse，學(xué)名：Mus musculus，mouse)、大鼠(Rat，學(xué)名：Rattus norvegicus)、中國倉鼠(Chinese Hamster，學(xué)名：Cricetulus griseus)、獼猴(Rhesus Monkey，學(xué)名：Macaca mulatta)、豬(Pig，學(xué)名：Sus scrofa) 、牛(Bovine，學(xué)名：Bos primigenius taurus)、狗(Dog，學(xué)名：Canis lupus familiaris)、貓(Cat，學(xué)名：Felis silvestris catus)、馬(Horse，學(xué)名：Equus ferus caballus)、兔(Rabbit，學(xué)名：Oryctolagus cuniculus)、雞(Chicken，學(xué)名：Gallus gallus)、果蠅(Fruit Fly，學(xué)名：Drosophila melanogaster)、斑馬魚(yú)(Zebra Fish，學(xué)名：Danio rerio)、非洲綠猴(Green Monkey，學(xué)名：Cercopithecus aethiops )15個(gè)種屬來(lái)源的細胞，判斷樣本是否存在這15個(gè)種屬間的交叉污染。

A: Dr.Cell實(shí)驗室提供中英文雙語(yǔ)檢測報告，可以直接提交國內外雜志期刊，發(fā)表文章應用。

• Capes-Davis A , et al. Match criteria for human cell line authentication: where do we draw the line. Int J Cancer. 

• Neimark J. Line of attack. Science.