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大腸桿菌質(zhì)粒DNA的提取
發(fā)布時(shí)間: 2023-04-19 點(diǎn)擊次數: 699次實(shí)驗方法原理 堿法提取主要是利用共價(jià)閉合環(huán)狀質(zhì)粒與線(xiàn)性染色質(zhì)在拓撲學(xué)上的差異來(lái)分離它們。在堿性pH環(huán)境,DNA變性,當恢復中性并在高鹽離子濃度時(shí),絕大多數質(zhì)粒DNA可以準確復性,留在上清中;而線(xiàn)性染色體DNA不能準確復性,相互交聯(lián)纏繞附著(zhù)在細胞壁碎片上與蛋白質(zhì)發(fā)生沉淀。離心后獲得大量質(zhì)粒的上清液,利用親水性有機溶劑(乙醇、異丙醇、PEG8000)使質(zhì)粒DNA脫水,離心后收集。 實(shí)驗材料 含質(zhì)粒的大腸桿菌試劑、試劑盒 葡萄糖 EDTA Tris-HCl NaOH SDS KAc 異戊醇儀器、耗材 臺式高速離心機 恒溫振蕩搖床 高壓滅菌鍋 振蕩器 微量移液器 1.5ml離心管實(shí)驗步驟 一、試劑配制
1. LB液體培養基。
2. 100 mg/ml氨芐西林儲存液:稱(chēng)取25g的氨芐西林粉末,加去離子水至250ml,全部溶解后過(guò)濾、分裝,20℃保存。
3. 溶液Ⅰ:50 mmol/L葡萄糖溶液,25 mmoi/L Tris-鹽酸(pH 8.0),10 mmol/L EDTA(pH 8 0)。1 mol/L Tris-鹽酸(pH 8.0)12.5ml,0 5 mol/L EDTA(pH8.0)10ml,葡萄糖4.730g;加去離子水至500ml,高壓滅菌,貯存于4℃。
4. 溶液Ⅱ:0.2moI/L 氫氧化鈉溶液,1% SDS(10 N 氫氧化鈉20 μl,10%SDS 100μl,加去離子水至1ml),使用前臨時(shí)配制。
5. 溶液Ⅲ(pH 4.8):5 mol/L 醋酸鉀300ml,冰醋酸57.5ml,加去離子水至500ml,4℃保存。
6. 苯酚:氯仿(1:1,V/V)(酚和氯仿均有很強的腐蝕性操作時(shí)應戴手套?。?。
7. 無(wú)水乙醇。
8. 70%乙醇。
9. RNase A(20 mg/ml)溶液:100 mg RNA酶干粉加5ml超純水溶解,然后在沸水煮
15min,分裝,20℃保存。
10. TE緩沖液:10 mmol/L Tris-鹽酸(pH8.0),1 mmol/L EDTA(pH8.O)。
二、實(shí)驗方法
1. 挑取LB固體培養基上生長(cháng)的單菌落,接種于2.0ml LB(含Amp 100 μg/ml)液體培養
基中。37℃、250 r/min振蕩培養過(guò)夜(約12——14h)。
2. 取1.5ml細菌培養液倒入離心管中,4℃、6000轉離心30s,棄上清,將離心管倒置于紙巾上,去除殘留液體。
3. 菌體沉淀重懸于100μl用冰預冷的溶液Ⅰ中,劇烈振蕩,使菌體分散混勻,室溫下放置5 min。
4. 加入200μl新配制的溶液Ⅱ,蓋緊管口,快速溫和顛倒離心管5——10次,以混勻內容
物,冰浴5min。
5. 加入150μl預冷的溶液Ⅲ,蓋緊管口,溫和顛倒5——10次混勻,冰浴3——5min,4℃、6000轉離心5min。轉移上清到一個(gè)新的1.5ml Ep管中。
6. 加入等體積的酚一氯仿抽提劑,振蕩混勻,4℃、6000轉,離心2 rain。
7. 小心移出上清于1.5ml Ep管中;加入2倍體積用冰預冷的無(wú)水乙醇于室溫沉淀雙鏈
DNA,混勻,室溫放置2--5rain,4℃、6000轉離心5min。
8. 棄上清,將離心管倒置于紙巾上使所有液體流出,加入1ml 70%乙醇,蓋緊離心管顛倒數次,4℃、6000轉,離心2min。
9. 去除所有的乙醇溶液,將管倒置于紙巾上使液體流盡,室溫干燥5——10min,直到乙醇都揮發(fā)干凈。
10.將質(zhì)粒DNA沉淀溶于50 μl TE緩沖液(含20 μg/ml RNaseA)中,溫和振蕩數秒,-20℃儲存備用。
注意事項 1. 溶液Ⅰ與溶菌液充分搖勻,用力適當。因為此時(shí)細菌還沒(méi)有與堿和SDS作用,染色體DNA尚未釋放,不必擔心其分子斷裂,一般可用力振蕩幾次。 2. 加入SDS后則要注意不能過(guò)分用力振蕩,溫和混勻,但又必須讓它反應充分。
3. 加入溶液Ⅱ混勻之后,一定要在冰上放置,不要搖動(dòng),對于溶液Ⅲ同樣處理。
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