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    分子克隆實(shí)驗的注意事項和經(jīng)驗分享

    發(fā)布時(shí)間: 2024-01-16  點(diǎn)擊次數: 411次

    簡(jiǎn)介:

     分子克?。ɑ蚩寺?DNA重組/載體構建)技術(shù)是一種在分子水平上操作的技術(shù),用于將特定的DNA片段從供體生物中分離出來(lái),然后通過(guò)體外重組、轉化和轉導等方法,將其插入到適合的克隆載體中,并將重組克隆載體引入到合適的寄主體內進(jìn)行復制與擴增??梢詰糜诘鞍妆磉_、病毒包裝、基因治療、細胞治療、mRNA疫苗、RNA干擾、細胞功能等研究。


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    具體操作流程:

    一、聚合酶鏈式反應(PCR)

    DNA聚合酶以單鏈DNA為模板,借助一小段雙鏈DNA來(lái)啟動(dòng)合成,通過(guò)一個(gè)或兩個(gè)人工合成的寡核苷酸引物與單鏈DNA模板中的一段互補序列結合,形成部分雙鏈。在適宜的溫度和環(huán)境下,DNA聚合酶將脫氧單核苷酸加到引物3'-OH末端,并以此為起始點(diǎn), 沿模板5'→3'方向延伸,合成一條新的DNA互補鏈。

    (1)PCR反應基本成分:

    ①模板DNA

    基因組DNA上的某個(gè)基因或DNA片段;也可以是mRNA反轉錄產(chǎn)生的cDNA鏈。
    ②引物
    先由引發(fā)酶(一種特殊的RNA聚合酶)在DNA模板上合成一段RNA鏈,它提供引發(fā)末端被稱(chēng)為引物,接著(zhù)由DNA聚合酶從RNA引物3^端開(kāi)始合成新鏈。
    ③dNTPs
    (dATP、dCTP、dGTP和dTTP) 是PCR反應中靶DNA序列擴增的原料。在PCR反應中每種脫氧核苷三磷酸的濃度以50-200μmol/L為宜, 不能低于10-15μmol/L。
    ④DNA聚合酶
    該片段具有聚合酶活性和3'→5'外切核酸酶活性, 能識別和消除錯配的引物末端, 以校正復制過(guò)程中錯配的核苷酸。
    通過(guò)雙鏈DNA的高溫變性 (denaturation),目的是要使雙鏈DNA解鏈成單鏈。引物與模板的低溫退火 (annealing) ,作用是使模板DNA單鏈或上一輪的反應產(chǎn)物與引物相結合。適溫延伸 (extension),引物延伸是DNA聚合酶將脫氧單核苷酸逐一地加到引物3'-OH末端, 依據模板序列合成一條互補新鏈的過(guò)程。這三步反應反復循環(huán)。每一循環(huán)中所合成的新鏈, 又都可作為下一循環(huán)中的模板。
    (2)反應體系(50ul體系)
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    (3)反應程序:
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    二、線(xiàn)性化載體

    在目標載體質(zhì)粒上選取合適的位點(diǎn)進(jìn)行單酶切或雙酶切,對酶切后的載體進(jìn)行割膠純化。
    環(huán)形雙鏈的質(zhì)粒DNA分子具有三種不同的構型:
    ①當其兩條多核苷酸鏈均保持著(zhù)完整的環(huán)形結構時(shí),稱(chēng)之為共價(jià)閉合環(huán)形DNA(cccDNA),這樣的DNA通常呈現超螺旋的SC構型;
    ②如果兩條多核苷酸鏈中只有一條保持著(zhù)完整的環(huán)形結構,另一條鏈出現有一至數個(gè)缺口時(shí),稱(chēng)之為開(kāi)環(huán)DNA(ocDNA),此即OC構型;
    ③若質(zhì)粒DNA經(jīng)過(guò)適當的核酸內切限制酶切割之后,發(fā)生雙鏈斷裂形成線(xiàn)性分子(IDNA),通稱(chēng)L構型。
    線(xiàn)性化之后的質(zhì)粒比正常質(zhì)粒在瓊脂糖凝膠電泳中跑的慢。


    三、純化PCR、酶切產(chǎn)物并連接

    將反應結束的產(chǎn)物進(jìn)行純化,純化所選用的方法對污染的風(fēng)險有極大影響。一般而言,只要能夠得到可靠的結果,純化的方法越簡(jiǎn)單越好,目前有多種試劑盒可供選擇;

    連接線(xiàn)性化載體和PCR產(chǎn)物,可根據DNA連接酶試劑盒說(shuō)明書(shū)設置,對于較大的片段可以選擇4℃連接過(guò)夜。


    四、細菌轉化

    冰上解凍克隆感受態(tài)細胞(DH5α);取重組產(chǎn)物,加至感受態(tài)細胞中,冰上靜置30min,42℃水浴熱激45s,迅速置于冰上2-3min;加入600μL LB液體培養基,37℃搖菌1h。


    五、菌落PCR
    用滅過(guò)菌的 10ul 小槍頭挑取單克隆白斑至滅菌水中,振蕩混勻。然后用正常的 PCR 反應程序可。

    PCR正常反應結束后用瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測,選擇正確條帶的菌液加入對應的培養基,37℃搖起來(lái)。


    注意事項

    聚合酶鏈式反應
    ①所有試劑都應該沒(méi)有核酸和核酸酶的污染。操作過(guò)程中均應戴手套。
    ②PCR 試劑配制應使用最高質(zhì)量的新鮮雙蒸水。
    ③試劑或樣品準備過(guò)程中都要使用一次性滅菌的塑料瓶和管,玻璃器皿應洗滌干凈并高壓滅菌。
    ④PCR 的樣品應在冰浴上化開(kāi),并且要充分混勻。
    質(zhì)粒轉化
    ①冰上解凍感受態(tài)細胞:大腸桿菌經(jīng)過(guò)低溫(0度)預處理的低滲cacl2溶液,造成細胞膨脹,細胞膜通透性發(fā)生改變,即易與外源DNA相黏附并在細胞表面形成復合物。
    ②熱激轉化利用氯化鈣來(lái)產(chǎn)生富含鈣離子的環(huán)境,從而抵消質(zhì)粒DNA和細菌細胞膜之間的靜電排斥。溫度的急劇提高可以在細菌胞膜表面形成小孔,質(zhì)粒DNA就可進(jìn)入細菌細胞。
    菌落PCR
    ①在做菌落 PCR 的時(shí)候,每次都要做陰性、陽(yáng)性對照,陽(yáng)性對照可以用抽提好的質(zhì)?;蚧蚪M,這樣可以確定 PCR 主反應液的配制沒(méi)有問(wèn)題。

    ②菌落PCR反應程序變性94℃4-5min即可保證外源DNA釋放出來(lái)。

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