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基因研究做引物設計,一定要知道轉錄本能干什么!
發(fā)布時(shí)間: 2021-08-30 點(diǎn)擊次數: 5943次我們平常通過(guò)數據庫查找某個(gè)基因的相關(guān)信息時(shí),會(huì )發(fā)現該基因有多個(gè)轉錄本。為什么一個(gè)基因可以有多個(gè)轉錄本呢?轉錄本能干什么?
轉錄本其實(shí)就是基因通過(guò)轉錄形成的一種或多種可供編碼蛋白質(zhì)的成熟的 mRNA。
一個(gè)基因有可能有多個(gè)轉錄本,原因是由于不同的剪接方式造成的。我們都知道,基因轉錄之后,首先是形成前體 mRNA,通過(guò)剪切內含子連接外顯子,5’端加帽及 3’端加尾之后形成成熟的 mRNA。 但是在剪切的過(guò)程中可能會(huì )剪切掉外顯子,也有可能保留部分內含子,這樣就形成了多種 mRNA 即多個(gè)轉錄本。
舉個(gè)栗子:這是一個(gè)三個(gè)外顯子兩個(gè)內含子的基因結構圖
該圖通過(guò)不同的剪接方式得到了四種 mRNA 即四種轉錄本(我只是列出了部分可能性),實(shí)際中可能該基因只具有其中的一種或兩種轉錄本,也有可能都具有。
我們需要特別注意的是大多數基因有多個(gè)轉錄本,而且有可能每個(gè)轉錄本都會(huì )編碼產(chǎn)生相應的蛋白,這樣就有可能造成一個(gè)基因有多種功能。
我們平常研究某個(gè)基因時(shí)(該基因有多個(gè)轉錄本),其實(shí)我們研究的是它的其中一個(gè)轉錄本所編碼的蛋白的功能。雖然該基因有多個(gè)轉錄本,而且每個(gè)轉錄本都編碼蛋白,但是一般情況下它的不同的轉錄本分布在不同類(lèi)型的細胞中,當然也有可能多種轉錄本同時(shí)存在于某一細胞中。
那我們研究該基因時(shí)應該怎么做呢?
首先,我們需要確定我們應該研究該基因的哪個(gè)轉錄本。
因為我們平常研究某個(gè)基因的功能的時(shí)候,是因為該基因在某一特定的組織和細胞中表達, 它在這些組織和細胞中具有特定的功能,所以我們只需要確定該基因的哪個(gè)轉錄本在這些組織和細胞中表達即可。
確定的方法當然就是設計每種轉錄本特異性引物,然后通過(guò) RT-PCR 就可知道哪種轉錄本在組織和細胞中特異性表達。那這個(gè)轉錄本就是我們接下來(lái)要研究的。
之所以要確定我們應該研究哪個(gè)轉錄本,那是因為它關(guān)系到引物的設計以及蛋白分子量的計算。
當我們研究某個(gè)基因的功能時(shí),通常會(huì )抽提總的 RNA,然后反轉錄得到 cDNA,然后將 cDNA 連接到表達載體中轉化到原核或真核細胞中進(jìn)行表達,然后進(jìn)行接下來(lái)的研究。
通過(guò)反轉錄獲得 cDNA 時(shí),引物的設計就是根據轉錄本設計的。而且之后我們會(huì )將表達的蛋白跑電泳后進(jìn)行分析,那蛋白的大小是如何計算的呢,當然也是通過(guò)該轉錄本編碼的蛋白的 氨基酸序列計算的啊。
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