利用 shotgun 的蛋白組技術(shù)，可以實(shí)現對復雜樣品中大量蛋白質(zhì)的定性分析，進(jìn)而為闡明腫瘤相關(guān)蛋白質(zhì)的相互作用、信號通路組成及蛋白質(zhì)亞細胞定位提供依據。

Dawson 等人發(fā)表于 2011 年《Nature》上的研究，利用蛋白組學(xué)的方法鑒定了腫瘤發(fā)生過(guò)程中參與染色質(zhì)修飾失調的 bromodomain and extra terminal（BET）家族復合物的組成。作者首先分離出細胞核成分，再分別以 BET 抑制劑、Histone tails 及 BET 抗體為基質(zhì)，通過(guò)免疫沉淀或 pull down 的方法分離出 BET 各蛋白亞型及其他蛋白復合物。利用 shotgun 的方法對分離的蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定，作者發(fā)現混合系白血病融合蛋白的分子伴侶 SEC 和 PAFc 是 BET 復合物的主要成員，并利用鑒定到的蛋白質(zhì)構建了 BET 復合物蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò )。在此基礎上，作者進(jìn)一步證實(shí) BET 復合物的功能與混合系白血病有直接關(guān)系，BET 是混合系白血 病的有效治療靶點(diǎn)。