腫瘤發(fā)生與發(fā)展過(guò)程中，除了表達差異，很多蛋白質(zhì)的功能受到翻譯后修飾的調控。利用蛋白質(zhì)組學(xué)的方法，可對腫瘤相關(guān)蛋白質(zhì)的修飾進(jìn)行的定量及定性分析，為激酶信號通路、組蛋白修飾等研究提供基礎。

Kim 等在 2013 年發(fā)表于《PNAS》上的研究，利用磷酸化蛋白組學(xué)的方法研究了 TANKbinding kinase 1 (TBK1)促進(jìn)肺癌細胞存活過(guò)程中的磷酸化信號轉導通路。作者共鑒定到了 A549 細胞裂解液中的 2080 個(gè)磷酸化蛋白質(zhì)中的 4,621 個(gè)磷酸化肽段, 其中 385 個(gè)蛋白質(zhì) (477 個(gè)肽段)的磷酸化水平在 TNK1 敲除后發(fā)生了至少 1.5 倍變化，由此作者構建了 TBK1 的磷酸信號轉導網(wǎng)絡(luò )。作者進(jìn)一步發(fā)現 Polo-like kinase 1 (PLK1)在該網(wǎng)絡(luò )中處于核心位置，進(jìn)一步的實(shí)驗證實(shí) TBK1 可在體外直接誘導 PLK1 發(fā)生磷酸化。另一方面，蛋白組學(xué)數據表明 TBK1 敲除后， metadherin 在 Ser-568 位點(diǎn)上的磷酸化顯著(zhù)減少，進(jìn)一步的功能研究證實(shí) metadherin 與 TBK1 敏感的肺癌細胞的存活和增殖及腫瘤預后密切相關(guān)。