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    實(shí)時(shí)熒光定量PCR的優(yōu)化(三)

    發(fā)布時(shí)間: 2021-10-12  點(diǎn)擊次數: 1239次

    本期介紹設計引物,得到實(shí)時(shí)熒光PCR引物對,這種方法也可以用于普通PCR。


    1、長(cháng)度應該在18~30bp,保證結合的特異性。


    2、熔解溫度(Tm值)應在55~60°C,兩條引物的Tm值應相差2~3°C。


    3、每條引物3'端應該有1~3個(gè)鳥(niǎo)嘌呤或胞嘧啶,這樣做可以減少PCR過(guò)程中的非特異性擴增。超過(guò)3個(gè)時(shí)會(huì )起反作用,發(fā)生“滑動(dòng)效應"導致錯誤延伸。


    4、引物的GC含量應該在50%左右,過(guò)高的GC含量會(huì )升高Tm值。


    5、引物中應該避免反向重復序列,因為這會(huì )形成二級結構,影響引物結合在模板上。


    6、如果是RT-PCR,還需要避免設計引物結合在外顯子序列上,會(huì )導致實(shí)驗結果假陽(yáng)性。正確做法應設計在長(cháng)內含子側翼、或短內含子上,又或者是跨越外顯子-外顯子交界區。


    7、對引物進(jìn)行脫鹽純化。


    需要注意的是,有時(shí)候當你做到了所有要點(diǎn),引物還是有可能無(wú)法擴增,這時(shí)候就要重新設計引物啦。


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