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實(shí)時(shí)熒光定量PCR的優(yōu)化(六)
發(fā)布時(shí)間: 2021-10-14 點(diǎn)擊次數: 1065次引物和探針的濃度也需要尋找*濃度,這通常憑借經(jīng)驗決定。
為什么要尋找*濃度呢?
因為像Taqman探針在反應過(guò)程中會(huì )被破壞,需要在起始濃度便保留足量的探針。這個(gè)濃度通常是在反應體系中達到250nmol/L。但我們不能無(wú)限制的添加探針,這會(huì )增加成本,尤其是大批量檢測時(shí),我們需要減少生產(chǎn)試劑的成本。
實(shí)際探索優(yōu)化中,對Taqman探針?lè )樵淼膶?shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)驗,我們也可以使用SYBR Green I法對引物濃度進(jìn)行測試,因為SYBR Green I染料能與任意雙鏈DNA結合,可以檢測到產(chǎn)生的引物二聚體和其他非特異性擴增產(chǎn)物的量。引物二聚體會(huì )降低擴增效率和特異性,我們希望找到合適的引物濃度,減少二聚體、非特異性產(chǎn)物的產(chǎn)生。
綜上,我們需要尋找引物和探針的*濃度,保證反應的靈敏度的同時(shí),降低成本,并獲得最大特異性。
在實(shí)踐中,我們通常推薦這樣的方法來(lái)進(jìn)行優(yōu)化:
1、優(yōu)化引物濃度時(shí)從一個(gè)標準的濃度開(kāi)始優(yōu)化,每次調整濃度后制作標準曲線(xiàn)圖,通過(guò)分析標準曲線(xiàn)圖判斷優(yōu)化效果。推薦的標準優(yōu)化濃度:Taqman探針?lè )ńK濃度是500nmol/L,SYBR Green I法是200~400nmol/L。
2、引物濃度效果評判的標準:標準曲線(xiàn)是線(xiàn)性的,且效率>80%,可以認為濃度是合適的,就不需要進(jìn)一步優(yōu)化了。
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