閾值，我們在操作軟件時(shí)上下拉動(dòng)的橫線(xiàn)，是決定Ct值的因素之一。

閾值是熒光信號相對于基線(xiàn)有顯著(zhù)增強的點(diǎn)，大多數儀器會(huì )根據基線(xiàn)平均信號，自動(dòng)計算熒光信號的閾值水平，并設置一個(gè)比平均值高10倍的閾值。

也就是說(shuō)，當基線(xiàn)被正確的設置了，閾值也能手動(dòng)調整成正確值。

需要注意的是：

1、讀取閾值相關(guān)的分析數據時(shí)，不能隨意改變閾值的設置。只有分析不同樣本，或相同樣本不同靶基因時(shí)，才能調整閾值。

2、設置閾值線(xiàn)時(shí)，要在擴增曲線(xiàn)的指數擴增區域內設置，不能在起始階段，也不能在熒光背景（基線(xiàn)）區域。

3、每次改變閾值時(shí)，要查看標準曲線(xiàn)的斜率和R的平方有沒(méi)有改善。沒(méi)有使用標準曲線(xiàn)時(shí)，也可以計算3個(gè)復孔（相同條件擴增的樣本）的標準偏差。好的閾值應該要改善Ct值的表現。